Обычная версия
Шрифт -
Шрифт +
Настройки по умолчанию

Специализированные системы визуализации


 
Forghani M., Vasev P.A., Bolkov M.A., Ramsay E.S., Bersenev A.Y., PhyloTraVis: A New Approach to Visualization of the Phylogenetic Tree // Programming and Computer Software. 2022. Vol. 48, № 3. P. 215-226. DOI: 10.1134/S0361768822030045

The study of evolution is an essential task in predicting the variability of species, especially for pathogens such as viruses. One of the main stages of evolutionary analysis is constructing a phylogenetic tree.
This work is devoted to developing a new approach for visualization of the phylogenetic tree, which is based on reconstructing the evolutionary trajectory of a taxon in three-dimensional space. An evolutionary trajectory is a path that connects a particular taxon and the root of the tree. By reconstructing ancestral sequences and applying one-hot-encoding, each tree node is represented as a multidimensional object, then mapped into three-dimensional space using the embedding method, due to which, evolutionary paths from leaves to the tree’s root are generated. This approach makes it possible to visualize rapid changes in evolutionary direction, both locally and globally. The results are based on the experiments on visualization of the evolutionary trajectory of the H3N2 influenza virus and the development of a publicly available web platform called PhyloTraVis. They suggest the application of our approach for early detection of changes in the direction of evolution, the study of evolutionary dynamics, evaluation of emerging novel virus variants, and modeling of possible antigenic diversity, which are important tasks in computational virology.


Количество просмотров: Счетчик посещений Counter.CO.KZ - бесплатный счетчик на любой вкус!

Есть вопрос или комментарий?..


Ваше имя Электронная почта
Получать почтовые уведомления об ответах:


| Примечание. Сообщение появится на сайте после проверки модератором.


Вернуться в раздел Специализированные системы визуализации

Соседние подразделы:
Теория визуализации и теория компьютерной метафоры
Научная визуализация и визуализация программного обеспечения для параллельных вычислений
Параллельные направления

Translate

Контакты

+7 (343) 362-81-45
starodubtsevis@imm.uran.ru

г. Екатеринбург, ул. Софьи Ковалевской, 16, каб. 306 (новое здание)
Открыть контакты

Список конференций

https://teamup.com/ksderjcf2fk8h8tjp4 

Посетители сайта

Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно
Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно