Обычная версия
Шрифт -
Шрифт +
Настройки по умолчанию

Специализированные системы визуализации


 
M.Forghani, P.Vasev, E.Ramsay, A.Bersenev, Visualization of the Evolutionary Path: an Influenza Case Study // Proceedings of the 31st International Conference on Computer Graphics and Vision, September 27–30, 2021, Nizhny Novgorod, Russia. P.358-368. Published on CEUR Workshop Proceedings, ISSN 1613-0073, DOI: doi.org/10.20948/graphicon-2021-3027-358-368

Visualization of viral evolution is one of the essential tasks in bioinformatics, through which virologists characterize a virus. The fundamental visualization tool for such a task is constructing a dendrogram, also called the phylogenetic tree. In this paper, we propose the visualization and characterization of the evolutionary path, starting from the root to isolated virus in the leaf of the phylogenetic tree. The suggested approach constructs the sequences of inner nodes (ancestors) within the phylogenetic tree and
uses one-hot-encoding to represent the genetic sequence in a binary format. By employing embedding methods, such as multi-dimensional scaling, we project the path into 2D and 3D spaces. The final visualization demonstrates the dynamic of viral evolution locally (for an individual strain) and globally (for all isolated viruses). The results suggest applications of our approach in: detecting earlier changes in the characteristics of strains; exploring emerging novel strains; modeling antigenic evolution; and study of evolution dynamics. All of these potential applications are critical in the fight against viruses.

Ключевые слова: Visualization, Influenza, Evolutionary path, Evolution, H3N2.

Количество просмотров: Счетчик посещений Counter.CO.KZ - бесплатный счетчик на любой вкус!

Есть вопрос или комментарий?..


Ваше имя Электронная почта
Получать почтовые уведомления об ответах:


| Примечание. Сообщение появится на сайте после проверки модератором.


Вернуться в раздел Специализированные системы визуализации

Соседние подразделы:
Теория визуализации и теория компьютерной метафоры
Научная визуализация и визуализация программного обеспечения для параллельных вычислений
Параллельные направления

Translate

Контакты

+7 (343) 362-81-45
averbukh@imm.uran.ru

г. Екатеринбург, ул. Софьи Ковалевской, 16, каб. 306 (новое здание)
Открыть контакты

Список конференций

https://teamup.com/ksderjcf2fk8h8tjp4 

Посетители сайта

СеминарЗаседания семинара Сектора Визуализации проходят в Институте Математики и Механики УрО РАН (см. Контакты) в комнате 303 каждый четверг. Начало в 16.00....

Открыть раздел Семинар
Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно
СеминарЗаседания семинара Сектора Визуализации проходят в Институте Математики и Механики УрО РАН (см. Контакты) в комнате 303 каждый четверг. Начало в 16.00....

Открыть раздел Семинар
Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно