Обычная версия
Шрифт -
Шрифт +
Настройки по умолчанию

Специализированные системы визуализации


 
M.Forghani, S.Kovalev, M.Bolkov, M.Khachay, P.Vasev, TBEV analyzer platform for evolutionary analysis and monitoring tick-borne encephalitis virus: 2020 update // Biostatistics & Epidemiology, 1-17. DOI: doi.org/10.1080/24709360.2021.1985392

Viral surveillance is an essential task in public health that yields specific data, such as biological and epidemiological characteristics, crucial in the fight against viruses. We have recently developed an online platform for monitoring of Tick-Borne Encephalitis Virus, TBEV Analyzer, equipped with phylogenetic analysis and geographic map visualization functions. The phylogenetic analysis employs the clusteron approach, which has been earlier proposed by one of the authors of this paper. The analysis is based on a genetic pattern and provides three-fold hierarchical information about subtype, phylogenetic lineage, and clusteron. A clusteron is a group of TBEV strains with identical amino acid sequences of the glycoprotein E fragment, as a rule phylogeographically close, and having a certain type of territorial distribution. We enhance the algorithms and quality of visualization by integrating our platform with the GenBank database, adding a heat map distribution, and providing more details in the analysis report. To demonstrate the performance of the upgraded system, we analyze recent strains published in GenBank and compare them with the results of the manual analysis performed by a specialist. The results show that the system can rapidly and accurately determine query strain characteristics. This suggests possible applications in the field of public health.

Ключевые слова: TBEV,clusteron approach, phylogenetic analysis,evolution,visualization.

Количество просмотров: Счетчик посещений Counter.CO.KZ - бесплатный счетчик на любой вкус!

Есть вопрос или комментарий?..




Ваше имя Электронная почта
Получать почтовые уведомления об ответах:


| Примечание. Сообщение появится на сайте после проверки модератором.


Вернуться в раздел Специализированные системы визуализации

Соседние подразделы:
Теория визуализации и теория компьютерной метафоры
Научная визуализация и визуализация программного обеспечения для параллельных вычислений
Параллельные направления

Translate

Контакты

+7 (343) 362-81-45
averbukh@imm.uran.ru

г. Екатеринбург, ул. Софьи Ковалевской, 16, каб. 306 (новое здание)
Открыть контакты

Список конференций

https://teamup.com/ksderjcf2fk8h8tjp4 

Посетители сайта

СеминарЗаседания семинара Сектора Визуализации проходят в Институте Математики и Механики УрО РАН (см. Контакты) в комнате 303 каждый четверг. Начало в 16.00....

Открыть раздел Семинар
Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно
СеминарЗаседания семинара Сектора Визуализации проходят в Институте Математики и Механики УрО РАН (см. Контакты) в комнате 303 каждый четверг. Начало в 16.00....

Открыть раздел Семинар
Это интересноНовые технологии, интересные события, и новости сектора. См. также раздел Очевидное и невероятное....

Открыть раздел Это интересно